Відділ філософських проблем природознавства та екології працював до 2016 року, його було ліквідовано відповідно до постанови Президії НАН України № 11 від 20.01.2016 р. «Про фінансування НАН України в 2016 р.».

Філософські та методологічні проблеми природничих наук, кібернетики, екології. Зокрема, епістемологічні проблеми фізики, проблема підвалин фізичного знання, наукового методу. Значна увага приділяється аналізу наукового дискурсу, лінгвістичного повороту у філософії, постмодерністського стану науки, сучасного оновлення методологічної культури природознавства.

Тема: «Сучасна індустрія наукових знань та її вплив на гуманітарну сферу» (Керівн. – д.філос.наук В.С.Лук’янець, I кв. 2012 – IV кв. 2014 рр.). 31 травня Пр. № 4.
Тема: «Антропосфера: сучасні інтерпретації» (Керівн. – д.філос.наук М.М.Кисельов, IV кв. 2011 – III кв. 2014 рр.).
Тема: «Меганаука ХХІ століття: революційні прориви і соціогуманітарні загрози» (Керівн. – д.філос.н., проф. В.С. Лук’янець, I кв. 2015 − IV кв. 2017 рр.);
Тема: «Феномен «життя» у сучасному науковому пізнанні» (Керівн. – д.філос.н., проф. М.М. Кисельов, IV кв. 2014 − III кв. 2017 рр.). 25-814

З моменту організації Інституту філософії НАН України проблематика відділу розробляється у двох базових напрямах. Перший іменується  "Фiлософськi проблеми фізики, космологiї, математики, кiбернетики", другий – "Фiлософськi проблеми бiологiї, екологiї, етологiї".

Традиційно в епіцентрі проблемного поля відділу стояли: філософські та методологічні проблеми, що породжуються історичним поступом природничих наук, їхньою взаємодією з гуманітарними науками, проблеми сучасного оновлення наукового дискурсу, інформаційного суспільства, лінгвістичного повороту філософії, постмодерністського стану науки, формування наукомістського майбутнього постіндустріального соціуму,  долі людини в добу супертехнологій.

Епістемічний обрій філософії природничо-наукового світоосягнення багато разів змінювався. Багатовекторні трансформації природознавства кардинально змінювали не тільки обличчя філософії природничо-наукового світоосягнення, а й навіть мотивацію її актуальності. Так, у 50-ті роки, коли наука в її нестримному розвитку, сприймалася як "велика надія" цивілізації, актуальність філософії наукового світоосягнення, її вищий сенс, мета й призначення однозначно зв'язувались зі спроможністю цієї галузі сприяти всілякому прискоренню НТП. Але в наш час, коли стало ясно, до яких глобальних негативних наслідків веде неконтрольоване прискорення НТП, актуальність філософії наукового світоосягнення мотивується суттєво інакше. Сьогодні не тільки філософи, а й творці природознавства, примушені визнати, що наукове свiтоосягнення, його грандіозні досягнення вiдiграють у глобальній еволюції планетарної цивілізаціїамбiвалентну роль. Нестримний поступ природознавства як синергетичного симбіозу «Експеримент – Теорія – Комп’ютинг», з одного боку, розширює і зміцнює науково-технологічну владу цивілізації над Всесвiтом, бо відкриває їй небачені раніше шляхи оволодіння все більш грандіозними сховищами енергетичних, мінеральних, інформаційних та інших ресурсів. З другого боку, – саме цей поступ приховує в собі такі глобальні загрози людському буттю, як  екологічний колапс, технологічна сингулярність, анігіляція адронної матерії тощо.
Отож, наукомістке майбутнє, до якого планетарну цивілізацію вивела практика здійснення футуропроекту доби Модерну, фальсифікувало цей проект. Для творців цього футуропроекту (Декарта, Канта, Гегеля, Маркса та ін.) сучасне суспільство Заходу здавалося світлим індустріальним майбутнім, що зароджується. Вони не сумнівалися, що практика здійснення цього футуропроекту є джерелом грандіозних досягнень не тільки в сфері природознавства, а й в сфері людинознавства, що ця практика неминуче приведе людство до “Суспільства Свободи, Справедливості й Загального Благоденства”.
Багато в чому (але далеко не у всьому) саме так і трапилося. Загальновідомо, що саме ця практика породила такі грандіозні досягнення, як:

• Декодування головної молекули життя – ДНК;
• Освоєння гігантського масиву спадкоємної інформації, яка таїться в генах живих організмів планети;
• Індустрія супертехнологій, що дозволяють піддавати генетичним апгрейдінгам світ живого у всій його тотальності;
• Створення технологій трансгенозу й мікрохимеризму, здатних підсилювати генетичний потенціал не тільки людських індивідів, а й людського роду;
• Безперервна модернізація індустрії нейро-комп’ютерно-мережевих, інформаційно-медійних та інших супертехнологій, яка веде до вкрай небезпечних трансформацій психосоматики людини.

Все це свідчить про те, що практика застосування досягнень природознавства як синергетичного симбіозу «Експеримент – Теорія – Комп’ютинг» різко підсилила значення гуманітарного виміру природознавства. Завдяки використанню досягнень генно-інженерних наук про людину, когнітивних наук про нейронні структури мозку, популяційної генетики, генетики поведінки, етнопсихології, еволюційної біології й нейрофармакології, природознавство здійснило багатоплановий вплив на сферу гуманітарії, яка охоплює досвід наук про культуру, дух, мову.

Посилення міці гуманітарного виміру природознавства спричинило масштабні перетворення сфери, яка містить людські змісти, етичні й естетичні цінності. А це означає, що в ХХІ столітті природознавство перетворилося на критичній фактор перетворення життєвого світу людини, світоглядного інтер'єру доби, системи морально-етичних цінностей. В цих умовах надзвичайної актуальності набули такі питання:

• Невже тільки людина має власну цінність, статус суб'єкта права й моралі?
• Чи можуть інші живі істоти, біотипи, біологічні види або природа в цілому бути самоціллю?
• Які основні моральні норми повинні регулювати відносини людини й Природи, планетарного соціуму й навколишнього середовища?
• Якими повинні бути межі припустимого використання людиною стратегічних ресурсів – речовини, енергії, інформації?

Морально-етичний дискурс з цих питань виявив, що практика здійснення футуропроекту доби Модерну виявилася набагато складнішою, ніж її уявляли видатні мислителі цієї доби. Породивши індустрію наукомістких технологій (ядерних, коллайдерних, молекулярно-біологічних, генно-інженерних, нано-інженерних, інформаційних, комп’ютерно-мережевих та ін.) ця практика міцно підсилила не тільки “світлу”, а й “тіньову” сторону могутності людства. Про все це переконливо свідчать загальновідомі нині факти:

• Прогрес хімії й оволодіння енергією хімічних процесів призвели до глобального отруєння ґрунтів, забруднення атмосфери Землі, світового океану.
• За освоєнням енергії ядра й атома прослідувало нуклеарне зараження середовища проживання людини. Символом такого зараження став наш “Чорнобиль”.
• Біомолекулярна революція породила загрозу забруднення хронотопного існування людини різноманітними типами трансгенних живих істот.
• Революція нанотехнологій (крім усіх інших небезпек) загрожує такими техногенними катастрофами, як “сірий слиз” і “чорна драговина”.
• Вибухоподібний розвиток комп'ютерних і когнітивних наук, інформатики й індустрії технологій планетарних комп’ютерно-медійних мереж таять у собі загрозу тоталітаризму і неконтрольованих трансформацій психосоматики людей.

Породивши всі ці непередбачені наслідки, поступ природознавства ніби посміявся над творцями футуропроекту Модерну. І саме ця обставина похитнула колишню довіру інтелектуалів до гранднарративу про природознавство як про “великого рятівника всього людства”. Звідси й нинішня недовіра до сцієнтистських забобонів гуманізму, що оцінює революціонаризм у природознавстві як гарант тривалого збереження людського буття у світі.

Отже, "доба iндустрiалiзму" впливає на процес формування майбутнього не тільки породженням нового типу наукового свiтоосягнення. Ця доба розхитує перегородки, якi колись жорстко роздiляли найважливiшi соцiокультурнi практики (економiчну, соцiальну, морально-етичну, наукову, технологiчну, полiтико-правову тощо). Одночасно вона каталiзує процес їх глобалiзацiї. Глобалiзацiя ж цих практик iнiцiює грандiозне зрушення в iсторичному становленні планетарної цивiлiзацiї, стимулює неконтрольоване зростання антропогенного пресу на бiосферу, на найважливiшi умови можливостi людського iснування у Всесвiтi. Ця глобалiзацiя втягає людство в "добу великої бiфуркацiї" (Е. Ласло), тобто в добу, коли дiапазон можливих варiантiв життя на нашiй планетi – його якостi i навiть умови збереження – багато в чому, якщо не повнiстю, визначається рівнем розвитку наукового світоосягнення, специфікою науково обгрунтованої планетарної поведiнки нашої техно-цивiлiзацiї, яка панує на Землi.
На зламі тисячоліть майбутнє Людини, у повнотi всiх її екзистенцiйних вимiрiв, можливість її самозбереження у Всесвіті, доля Антропосфери, Культури, Природи, стають суттєво залежними вiд відповідей на питання: У що наша цивiлiзацiя вiрує? Чого вона бажає? Що саме i як вона пiзнає? Останнє ж питання (відповідь на яке визначає не тільки спектр дозволених способiв соціально-прагматичного використання досягнень "технонауки", а й могутнiсть нашої цивiлiзацiї, всi її переваги й недосконалостi) – це ключове питання фiлософiї наукового осягнення природи. Ось чому у ХХІ столiтті філософські дослідження особливостей наукового свiтоосягнення, його ролi у виникненнi, еволюцiї та самозбереженні нашої цивiлiзацiї, осмислення шляхiв i форм його впливу не тiльки на соцiально-практичнi, а й iнтелектуально-духовнi сфери планетарної життєдiяльностi людства, стають найактуальнiшим завданням гуманітарії.

Ці дослідження повинні нагадувати людству, що ігнорування амбiвалентної ролi наукового світоосягнення, штучна привілеїзація його в культурі можуть обернутися не остаточною емансипацiєю людства i встановленням його тотальної влади над Всесвiтом, а дуже ризикованим і не прогнозованим зростанням глобального техногенного пресу, який руйнує природний режим коеволюцiї біосфери та техносфери. Еко-бiо-антропоцид, тотальне науково-технологiчне уярмлення людства можуть стати реаліями історії третього тисячоліття.
Таким став епістемічний обрій "наукового світоосягнення" в наш час. 
Що відбувається з епістемічним обрієм "філософії наукового світоосягнення" у ХХІ сторіччі?
 Чому "філософія наукового світоосягнення" здійснює перехід від монолінійного до багатовекторного розвитку?
Якими можуть стати когнітивні, світоглядні, соціокультурні наслідки становлення сучасного природознавства, яке прогресує як синергетичний симбіоз «Експеримент – Теорії – Комп’ютинг»? 
Багатопланові дослідження інноваційних процесів, що здійснюються в сучасному епістемічному обрії "наукового світоосягнення" – магістральний напрямок розвитку відділу.